백인제는 경성의학전문학교 3학년 재학시절(1919년) 3.1운동에 참가하였고, 일제에 체포되어 8개월여 동안 고초를 겪었다. 백인제는 동료들을 보호하기 위해 3.1운동에 단독으로 참여했음을 강조하는 한편, 조선의 독립을 희망한다고 당당하게 주장하였다. 사진은 백인제 신문 조서
경성의학전문학교는 1919년 3월 27일 학생들에게 선처를 바라는 뜻으로 종로경찰서에 성행조(性行調)를 제출했다. 백인제에 대해서는 "명석한 노력가로 항상 우수한 성적을 얻어 현재 본교 특대생이며 아무런 결점을 발견하기 어렵다"고 적고 있다.
1919년 11월 6일 최종 판결에서 백인제는 징역 6월 집행유예 3년에 처해졌다. 백인제는 1919년 3월 4일 체포되었으므로 이미 8개월 이상 형을 산 것이나 다름없었다. 「출판법 및 보안법 위반 피고 사건」으로 불린 이 사건에는 백인제 외에도 72명이 포함되었다. 사진에 백인제의 이름과 징역 6월에 집행 유예 3년을 처한다는 판결 내용이 보인다.
백인제는 3.1운동으로 퇴학을 당하고 옥고를 치르기도 하였지만, 경성의전 시절에 부단한 노력과 우에무라와 사토 등 일본인 스승들과의 만남을 통하여 의사로 대성하는 기초를 닦았다. 백인제는 1920년 복학하여 수석으로 졸업을 했음에도 3.1운동에 가담하였다는 이유로 의사면허증을 받지 못해 총독부의원에 근무하며 2년 동안 마취과 일을 맡으면 의사 면허를 내주겠다는 제의를 받았다. 그러나 백인제는 이 2년 동안의 '집행 유예' 기간을 허송세월하지 않았다. 그 결과 뛰어난 마취 기술을 습득하게 되었으며 이 때 익힌 탁월한 마취 솜씨가 외과 의사로 대성하게 된 데 기여할 수 있었다.
약속대로 두 해 동안의 부수 생활을 끝낸 1923년 5월, 의사 면허증(제537호)을 받았으며 이어 총독부의원 의원에 임명되어 완전한 의사의 자격으로 외과에 근무하게 되었고, 이곳에 근무한 6년 동안 모두 5편의 논문과 1편의 논평을 <조선의학회지>(오늘날 대한의사협회지)에 발표하여 호평을 받았다. 백인제의 이러한 탁월한 연구, 뛰어난 외과 진료 활동, 성실한 근무 자세 등으로 교수들에게 인정을 받아 1927년 모교 경성의전의 외과 강사로 발탁되었다.
조선의학회잡지 제40호, 제46호, 제60호 백인제 박사 논문